Interface JmolAnnotationParser

Method Details

• fixDSSRJSONMap

  String fixDSSRJSONMap(Map<String,Object> map)

• getAtomBits

  BS getAtomBits(Viewer vwr, String key, Object dssr, Map<String,Object> cache, int type, int modelIndex, BS bsModel)

• getBasePairs

  void getBasePairs(Viewer vwr, int modelIndex)

• getHBonds

  String getHBonds(ModelSet ms, int modelIndex, Lst<Bond> vHBonds, boolean doReport)

• getAtomicDSSRData

  void getAtomicDSSRData(ModelSet ms, int modelIndex, float[] dssrData, String dataType)

• calculateDSSRStructure

  String calculateDSSRStructure(Viewer vwr, BS bsAtoms)

• getAnnotationInfo

  String getAnnotationInfo(Viewer vwr, SV a, String match, int type, int modelIndex)

• catalogValidations

  Lst<Object> catalogValidations(Viewer vwr, SV validation, int[] modelAtomIndices, Map<String,int[]> valResMap, Map<String,Integer> map, Map<String,Integer> modelMap)

• initializeAnnotation

  Lst<SV> initializeAnnotation(SV objAnn, int type, int modelIndex)

• getAtomValidation

  Lst<Float> getAtomValidation(Viewer vwr, String type, Atom atom)

• fixAtoms

  void fixAtoms(int modelIndex, SV v, BS bsAddedMask, int type, int margin)

• catalogStructureUnits

  String catalogStructureUnits(Viewer vwr, SV svMap, int[] modelAtomIndices, Map<String,int[]> resMap, Object object, Map<String,Integer> modelMap)

• setGroup1

  void setGroup1(ModelSet ms, int modelIndex)

• getDSSRFrame

  P3[] getDSSRFrame(Map<String,Object> dssrNT)